用戶的貸款逾期三年，向貸款機構申請協(xié)商還款，可以申請只歸還貸款本金，但是貸款機構是否同意用戶只歸還本金，要以貸款機構的答復為準。一般來說，貸款申請協(xié)商還款，貸款機構會減免部分逾期利息，但是貸款本金與貸款利息，通常會要求用戶歸還。

因此，協(xié)商只歸還本金成功的概率非常低，如果貸款機構拒絕用戶只歸還本金，用戶可以再嘗試申請減免部分利息、逾期利息，這樣也能降低還款的壓力。貸款機構如果直接減免貸款利息、逾期利息，那么用戶就只需要歸還貸款本金，還清欠款后，逾期記錄在5年以后會自動刪除。

至于用戶沒有還清逾期的欠款，或者沒有按照貸款機構的要求還款，則逾期記錄會一直保留。逾期記錄一直保留，會導致個人征信不良。